家畜伝染病予防法(昭和26年法律第166号)に定められた「輸出入検疫」については、馬の場合、基本的には輸出の時5日間、輸入の時10日間の繋留検査が実施されている(出・入国検疫)。
その他、輸出国において存在している病気の侵入を予防するために、ワクチン接種や特殊な検査を輸出国に対して義務づける場合もある。
ジャパンカップ競走等の国際招待競走に出走するために一時的に入国する外国馬については、競馬学校内にある国際厩舎地区が、農林水産大臣により検査場所として指定を受けたうえで、けい留検疫の施設として使用されている。
このほか伝染病を防止するため、トレーニング・センター等中央競馬関係の施設に入厩する馬には24時間の検疫が課せられる。

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