投票された金額から控除された約25%のうち、10%が国庫に納付される。これを第1国庫納付金という。
残りの15%を中央競馬の運営に充てるが、この中からさらに剰余金がでた場合(スタンド等の施設の形となっているものも含む)には、その2分の1が国庫に納付される。これが、第2国庫納付金である。
日本中央競馬会法では、この納付金の4分の3相当額を畜産振興事業に、また4分の1相当額を社会福祉事業の充実に充当することを義務づけている。
また、1981、83、86、87年度は特別国庫納付金として、第1、第2国庫納付金の他に国庫に納付を行なった。
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